Após a escolha eficiente dos genitores e o estabelecimento do bloco de cruzamentos, é necessário o compreendimento da estrutura floral da soja. A soja é caracterizada como uma espécie leguminosa, pertencente à família Fabaceae, que é composta por flores perfeitas ou hermafroditas. Estas são formadas por carpelos, sépalas e pétalas, responsáveis pela proteção da flor, e pelo gineceu e androceu, caracterizados como os órgãos reprodutivos. O sistema reprodutivo desta espécie é baseado na autofecundação de suas flores, sendo este fenômeno facilitado pela cleistogamia, que consiste na fecundação das flores antes da abertura do botão floral.
Devido a essas características peculiares, alguns procedimentos específicos devem ser realizados durante a hibridação da soja. Pesquisas revelam que o cruzamento se apresenta como a principal forma de obter novos genótipos da soja. A eficiência do processo de hibridação é dependente de condições ideais do cultivo em ambiente protegido ou a campo, requer mão-de-obra qualificada, é dependente da época do ano e do período do dia em que o cruzamento é realizado. Pesquisas definem que a umidade relativa do ar, quando muito elevada, tende a reduzir a eficiência do melhorista, devido às menores proporções de flores fertilizadas artificialmente e ao número de sementes híbridas obtidas na soja.
A magnitude de genitores utilizados em um bloco de cruzamentos da soja apresenta-se dependente das condições de trabalho disponíveis pelo melhorista e dos objetivos impostos pelas diretrizes do programa de melhoramento. Nessas condições, o cultivo dos genitores e a hibridação da soja são realizados em casa de vegetação. Estes recipientes são divididos em três grupos, de modo que cada grupo é formado por uma época de semeadura (Grupo I, Grupo II, Grupo III), e as semeaduras são realizadas entre a segunda quinzena de outubro e a primeira quinzena de novembro de cada ano.
No recipiente são acomodadas dez sementes e utilizam-se em média 20 genitores dispostos nas três épocas de semeadura. Após a emergência das plântulas, efetua-se um raleio com objetivo de alocar apenas cinco plântulas por recipiente. As adubações de base e o manejo de irrigação são realizados conforme as necessidades das plantas. Os manejos fitossanitários são efetuados rigorosamente a cada 15 dias com o intuito de minimizar a ação de patógenos e insetos-praga, e assim, manter as plantas protegidas de estresses bióticos que possam vir a influenciar negativamente o crescimento e o desenvolvimento da soja em ambiente protegido.
O início do período reprodutivo da soja (estádio R1) é marcado pela emissão dos botões florais. Em geral, esses são formados primeiramente no terço médio da planta e na haste principal, e posteriormente, são emitidos nas ramificações do genótipo. A semeadura do bloco de cruzamento em três épocas distintas possibilita que haja a sincronia do florescimento entre os genitores, sendo esses contrastantes ao hábito de crescimento, à duração do período vegetativo e ao ciclo de maturação.
Anteriormente aos procedimentos de hibridação, é necessário que o melhorista defina o planejamento de quais genótipos serão cruzados, portanto, os próximos passos devem ser estratégicos para que o cruzamento possibilite um ganho satisfatório ao caráter de interesse.
Já definidos quais serão os genitores a serem cruzados, parte-se para o procedimento de hibridação, no qual se utiliza a informação a priori de qual será o genitor feminino a ser emasculado, e, consequentemente, o genitor masculino doador de pólen. Essas informações poderão ser obtidas por meio dos critérios para a escolha dos genitores apresentados acima. Ao elencar a planta considerada como genitor feminino, o melhorista deve selecionar uma flor que ainda não foi autofecundada, estando apta a ser emasculada.
A flor selecionada deve apresentar sua corola envolta pelas sépalas. Posteriormente, é necessário que o melhorista utilize uma pinça extrafina para eliminar as flores adjacentes que rodeiam a flor selecionada. Com a pinça, retira-se a corola com movimento rotacionado; facilmente, o estandarte e as asas são extraídos, já a quilha necessita maior atenção, ao passo que os estames podem estar aderidos nesta estrutura, mas o melhorista deve atenuar para não comprometer o pistilo, que está muito próximo dos estames.
A retirada dos estames e anteras da flor do genitor feminino é denominada de emasculação; após este procedimento o melhorista já pode realizar a fertilização artificial desta flor. As mesmas ressalvas apontadas para a escolha do genitor feminino são atribuídas ao genitor masculino, considerado o doador de pólen. A flor do genitor masculino deve apresentar nítida liberação dos grãos de pólen pelas anteras para que seja capaz de fertilizar eficientemente a flor emasculada. Com a pinça, retiram-se os estames da flor doadora de pólen e direciona-se ao estigma receptível da flor emasculada. Posteriormente a estes procedimentos, as flores cruzadas artificialmente podem ser identificadas através de uma etiqueta, e as informações da genealogia devem ser anexadas à planilha de controle do melhorista.
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