A incidência de fungos fitopatogênicos em sementes de aveia influencia na qualidade fisiológica do material propagativo e, consequentemente, na capacidade de estabelecimento da cultura no campo. Para caracterizar a qualidade sanitária de um lote de sementes, comumente utiliza-se o método do papel filtro. As espécies fúngicas frequentemente encontradas infestando sementes de aveia são Pyrenophora chaetomioides, Alternaria sp. e Fusarium sp.